Een waterlinie is een serie van defensieve werken die (deels) gedekt zijn door geïnundeerde gebieden. De bedoeling van inundatie is dat het water circa 40 cm. boven het bewuste terrein komt, waarmee het voor infanterie onbegaanbaar wordt, doch te ondiep is om er doorheen te varen. Het is daarmee noodzakelijk, de waterstand zeer nauwkeurig te kunnen reguleren.
In Nederland bleek het onder water laten lopen van gebieden een goede manier om de vijand tegen te houden. Hiertoe werden speciale waterstaattechnische werken gemaakt (bijvoorbeeld speciale inundatiesluizen).
Een waterlinie is vaak een snoer van vestingwerken met daartussen inundatiegebieden. De vestingwerken liggen rond steden en op hoger gelegen delen, die niet onder water gezet kunnen worden (accessen). Alleen bij acute dreiging werden de gebieden geïnundeerd.
De boeren wiens grond in de onder water te zetten gebieden lag, waren natuurlijk niet blij met deze actie. De linie moest daarom niet alleen beschermd worden tegen aanvallen van de vijand, maar ook tegen boze boeren die die linie zouden kunnen willen saboteren. (In de Vestingwet was hiertoe in een schadeloosstelling voorzien.)
Voorbeelden van waterlinies . Grebbelinie . Oude Hollandse Waterlinie . Nieuwe Hollandse Waterlinie . IJssellinie . West-Brabantse waterlinie . Stelling van Amsterdam