Na zijn opleiding trad Jan Vermeijen in 1525 in dienst bij Margaretha van Oostenrijk in Mechelen. In haar gevolg reisde Vermeyen naar Augsburg en Innsbruck, waar hij negentien portretten van de keizerlijke Habsburgse familie schilderde.
Na Margaretha's overlijden in 1530 trad Vermeyen in dienst bij Maria van Hongarije.
In 1535 nam Vermeyen deel aan een door keizerKarel V vanuit Spanje ondernomen kruistocht naar Tunis. De schetsen, die Vermeyen onderweg maakte, werden later als etsen gepubliceerd.